《刺客信条：叛变》的游戏背景设定在1752年到1761年的法印七年战争期间，将是《刺客信条IV：黑旗》的续作，这段时间也就是康纳刚刚长大的时代，更确切的说是与三代早起平行时间段的一个故事，将会以一位名叫“谢伊”(Shay)的圣殿骑士作为游戏主角。《刺客信条III》中的海尔森·肯威和《刺客信条4：黑旗》中的爱德华·肯威也会在本作中登场，并且最后时刻会与《刺客信条：大革命》互动。
1751年，北美，法国与印第安人之间关系紧张，时局相当动荡。Shay Patrick Cormac是一位年轻勇敢的刺客组织成员，在经历了一次可怕的事件后，决定要改造兄弟会。然而，一次关于某个任务的争论与该任务的最终惨败，使得他遭到那些曾经和他称兄道弟的刺客兄弟们的唾弃。于是，Shay决心要干掉阻碍他的人，这使得他最终成为了一名刺客杀手。
