在线上模式中，玩家还能够建造名为FOB的前线基地，这个前线基地和单人模式下的基地是相互独立的，两者的不同点就在于前线基地可以被其他玩家入侵，而且，如果其他玩家成功入侵了你前线基地，就有可能会掠夺你的资源和人才，所以如何安排巡逻士兵布下防御设施是玩家需要考虑的重点。

　　你也可以在有人入侵的时候亲临战场抗击对方，或者去到那些侵入过你的玩家基地里进行复仇，要是你的人缘够好，还可以和其他玩家组成一个联盟，共同对抗那些企图入侵你们基地的玩家，当然，如果你只是想要安静的游玩单人剧情，只需要关闭在线模式就不会遭到别人的入侵了。

　　由于变成了沙盒式的玩法，所以合金系列一直引以为傲的剧情部分在幻痛中其实还是遭到了一定程度的削弱，再加上游戏本身拥有着多达157个的海量支线，导致了幻痛的游戏剧情显得并不算是非常连贯，少了以往作品里那种一气呵成的快感，不过，这也是目前沙盒游戏难以避免的一个问题，毕竟鱼和熊掌无法兼得。

　　但是，剧情本身还是延续了一贯的超高水准，继承了合金系列庞大而又复杂的世界观，对和平行者之后的系列故事进行了补充说明，只不过对于那些没怎么接触过合金系列的玩家来说，本作的剧情应该会比较晦涩难懂，因为游戏中的大量剧情都是以玩家是一个系列粉丝为前提而进行的制作，无论是专属名词，还是那些一语双关的对白，只有真正了解合金历史的玩家才能体会到潜伏在这些单词之下的情感和意义，就像以往的合金作品一样，小岛秀夫用他的方式又一次成功的为我们展现了一个悲壮的，宏大的，并且具有时代气息的英雄故事。

　　合金装备5幻痛在保证了核心内容的同时完美的做到了向沙盒游戏的蜕变，集系列之大成的游戏系统更是让本作的可玩性达到了前所未有的高度，可以毫不夸张的说，合金装备5幻痛称得上是合金系列的巅峰之作。虽然随着小岛秀夫离开了科纳美，合金装备的未来也已经基本失去的希望。

　　但是对于这个传奇的系列来说，以这种巅峰的姿态来作为完结却也不失为一个好的结局，对于做了大半辈子合金装备的小岛秀夫来说，这也是一个开始全新作品的大好时机，希望将来的某一天我们弄够庆幸小岛的这一次离职，因为那时我们已经看到了合金之外的更多传奇。