由Level5于NDS平台上推出的著名的《雷顿教授》三部曲系列在《雷顿教授与最后的时间旅行》完结之后，该系列将推出最新的三部曲，开创新的系列，第一作游戏标题为《雷顿教授与魔神之笛》。另外本作的故事将会和09年冬季上映的雷顿电影动画的剧情之间进行关连。与明亮的伦敦形成鲜明的对比，这次作品里，雷顿教授将会和雷米一起前往一个漂浮着古怪气氛的小镇“米斯特哈雷利”，也是一个在有雾的时候拥有着奇妙风景的美丽小镇。雷顿教授就是收到了一封来历不明的信件，和新助手雷米一起被邀请到这个小镇上…作为系列作品的前传，本次登场的路克少年在本作就初登场了。这次作品的关键词“魔神之笛”据传说将会引来巨人的出现，并且破坏米斯特哈雷利，似乎在本作中魔神之笛就是本次的关键，然而路克少年在这里同时也被称为“预言世界终结的少年”。这两者之间似乎又有着重大的关系。