第一章：人类反抗军

　　宝箱：共9个

　　第一节：城市废墟

　　step1.2B重新被制造并且出现在YoRHa基地当中。在走廊处她重遇了也被重新制造的9S，可是他已经遗忘了之前与2B奋战的经历，而且在战斗中萌生出来的情感也无影无踪了，这对于有记忆残存的2B来说是一种折磨。

　　随后2B的系统会进入重启，其中会播放一条关于《尼尔》世界观的小短片。

　　剧情：公元5012年，外星人大(能够与机械结合，类似于变形金刚)举进攻这个世界，而且逐步威胁这人类的安全。在公元5204年，人类开始反击，他们研发出智能人造人军团并且建立了由人造人组建的军团——YoRHa。

　　他们的宗旨是攘除机械外星人，为人类而战感到光荣。

　　step2.在重启程序当中，此时进入到设置菜单。

　　先调整游戏的亮度，继而调整音量，接着是开启自毁模式，这时候2B就可以完全苏醒过来。

　　在与9S的对话当中，她确定9S已经丧失了之前的记忆。

　　step3.前往指挥室与指挥官见面，之前2B和9S为了击败敌人而摧毁了自己的黑匣子(自毁)，指挥官不希望两人再有类似的冒险行为。

　　既然2B和9S已经维修完毕，指挥官需要他们再次回到地表，协助人类抵抗军进行侦察任务。

　　step4.前往机库船上机甲就可以出发。

　　在出击途中，9S非常疑惑上头为何要派战斗型的2B去执行侦察任务。2B认为她内置的扫描系统足以应付多种情况。