合金装备系列按照小岛秀夫一贯的风格，游戏中总少不了各种搞怪彩蛋，下面要给大家带来的就是游戏中的各种彩蛋的集合，小编也会持续更新游戏中新出现的彩蛋，感兴趣的朋友不要错过。
1.在第一关营救米勒时，米勒会要求你说大首领的神奇话语，而主角会沉默。其实，这是只要玩家按下△/Y键，主角是会说出这句话的：“Kept you waiting, huh？”
2.在回收伊莱的场景，有一个猪头，射击它，它会发出猪叫。
3、如果你一直不洗澡直到你身上发臭的话，就算你没有被敌人目击也会因为身上的恶臭被敌人察觉，引起他们的警戒。你身边的苍蝇也会暴露你的位置。
4、如果你躲在厕所里、并且使用iDroid的外放播放“厕所的录音”的话，敌人就不会凑过来检查。
5、你可以使用Paz哼歌的录音带来让支线任务系列“惨剧的生还者”中的士兵平静下来。
6、你在弹夹已满的情况下，仍然可以在枪膛里装一发子弹。
7、当你击晕或者麻醉一名士兵导致他跌入水潭中时，他会在水潭中慢慢的吐出气泡最后溺死。
8、如果你在套着贴着士兵海报的情况下站起来的话，其他士兵就会嘲笑你。
9、在你拿枪指着一名高能力士兵让他们不许动时，过了一会儿后他们就会试图反击。
10、如果你在同一个地方对看守的士兵采用同样的策略攻击他们的话，他们也会根据你采用的攻击套路来进行相应的措施。比如你如果喜欢使用烟雾弹的话，他们就会带面罩；你如果喜欢夜袭，那他们还会戴夜视仪；如果你喜欢爆头的话，他们就会带上钢盔。
11、冲凉可以增加生命值与反射时间，如果你好几天没冲凉的话，生命值和反应时间会低一些。
12、在下雨天射断电线可以导致士兵被电击。
13、如果你在母基地里站在补给箱投落地点之后被箱子砸中的话，可以提高在场围观的成员士气。
14、你骑在D-Horse身上潜行至吉普车司机的身后时可以在他背后用枪指着他将车逼停。
15、你叫来的直升飞机可以把烟雾弹散发出来的烟除掉。
16、你可以在任何敌人身上安C4，然后可以在他们人都聚齐了之后将他们一网打尽。
17、不同口径的枪在墙上射出的坑的半径不同。
18.射击AI罐，它会说出《潜龙谍影3》和《和平行者》中的台词。在AI罐回收回基地之后，特定武器才能达到这一效果（具备玻璃穿透能力的），
19.水枪可以让一些电子设备，比如敌人基地摆在房间里的通讯器材立刻瘫痪掉，不会发出任何噪声。敌兵会来侦查，但不会觉得有入侵者。
20.有电量限制的道具，比如夜视仪和火箭飞拳，其实有两个办法减少电量消耗。1、运动，通过运动充电。2、光照，通过太阳能充电。所以，最好的增长待机时间的办法是，在阳光下狂奔。
21.用水枪射击静静，她会抖一下，因为她体内的寄生虫喜欢水。
22.在反射时间中，如果你把弹匣扔到敌人头上，他会被砸晕，还会有非常搞笑的音效。就算戴头盔也没用。
23.如果受了重伤上直升机，主角会打点滴；如果受了两次或以上重伤再上飞机，他会直接输血。
24.在同一个部队的母基地士兵会互相学习对方的语言。
25.每完成5个任务，那些被破坏的天线、通讯设施等就会被敌人修复。
26.如果主角在战场停留太久，会开始发臭，身边会绕苍蝇。再回到主基地，会触发大家都很嫌弃你的特别动画。（带静静和不带静静2种不同待遇）
27.和静静好感度达到100%后，静静会用特别性感的方式洗澡。
28.如果现实时间是你在游戏中输入的生日，那么在你生日那天，回到主基地会有生日庆祝动画。
29.在开始的医院场景中，能看到《潜龙谍影5：原爆点》的海报，上面写着“小岛组”。
30.在母基地有些地方会有注意高空坠物的标示。在那多站一会，你就会被高空坠物砸晕。
31.用麻醉枪射山猫头部会有不同的反应：
第一次：他会说“La-le-loo-le-lo”。
第二次：他会说一串日语名字。
第三次：会重复“2+2=5”。
第四次：他会说：“没用了，我已经进行了抗药性训练！”但是其实他的声音是越来越小的。
32.在任务20中，你可以在帐篷里找到一盘磁带，描述了一连串诡异的谋杀——嗯哼，你想到了什么。
33.在游戏开始，游戏会让你捏一个脸。在直升机中，有时你能在玻璃上看到倒影。但是这个倒影不是主角的，而是你捏的那张脸的。
（持续更新中）
